Identification, caractérisation et quantification de protéines :
de la découverte aux applications cliniques

Identification et quantification de protéines importantes

La spectrométrie de masse (SM) est la technologie de choix pour le profilage protéomique à grande échelle et les analyses bioanalytiques quantitatives ciblées. Sensible, précise et exacte, elle est utilisée pour de multiples applications, allant de la découverte de cibles et de biomarqueurs à la quantification de biomarqueurs, en soutien aux essais cliniques et à la mise au point de tests diagnostiques.

Caprion a ouvert la voie à l’industrialisation des plateformes de spectrométrie de masse en les adaptant aux besoins de l’industrie. Notre équipe de scientifiques cumule de nombreuses années d’expérience dans la mise au point et le perfectionnement des modes opératoires de la spectrométrie de masse pour des applications spécifiques, tout en se conformant aux principes GCLP et à des programmes AQ/CQ rigoureux.

En plus de sa contribution importante à la découverte de biomarqueurs, Caprion possède une expérience avérée de collaboration avec des partenaires commerciaux dans la mise au point de méthodes diagnostiques fondées sur la spectrométrie de masse. Ces collaborations ont mené à la commercialisation de tests diagnostiques pour la classification des nodules pulmonaires et la prédiction des naissances avant terme.

Chef de file
dans l’application
de la spectrométrie de masse en clinique

Nos scientifiques s’efforcent continuellement de mettre au point de nouvelles façons d’exploiter la puissance de la spectrométrie de masse. Grâce à leur connaissance approfondie de la science et à leur accès à des appareils à la fine pointe de la technologie, ils proposent des solutions pour optimiser les tests en fonction de vos besoins.

Nos services de protéomique sont fondés sur deux plateformes qui constituent la base de nombreuses applications clés dans tous les domaines – de la découverte et des études précliniques aux essais cliniques.

La plateforme de découverte – chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (CL-SM/SM) – pour le profilage objectif d’un grand nombre de cibles et de biomarqueurs potentiels, et la plateforme d’analyse ciblée – chromatographie liquide couplée à la détection de réactions multiples (MRM, « multiple reaction monitoring ») – pour fournir des données détaillées et quantitatives sur les marqueurs qui vous intéressent.

En plus de notre savoir-faire technique, nos méthodes éprouvées de traitement des échantillons, d’acquisition de données et de bio-informatique donnent lieu à des flux opérationnels adaptables permettant de générer des résultats reproductibles. Nous avons développé une expertise unique dans le traitement des échantillons avant leur analyse, ce qui permet l’enrichissement du protéome d’intérêt, une exigence clé pour assurer une sensibilité optimale. Nous pouvons enrichir l’échantillon en protéines de faible abondance à partir de tissus ou de matrices biologiques pertinentes, y compris les protéines présentant des modifications post-traductionnelles.

L’analyse peut être effectuée sur des échantillons provenant de toutes les espèces ou matrices biologiques. Des flux opérationnels pour l’analyse du plasma, du sérum, de cellules, de tissus frais, congelés ou fixés au formol et inclus dans la paraffine (FFIP), de l’urine, du liquide céphalorachidien, des expectorations, ainsi que des humeurs vitrée et aqueuse sont disponibles.

Plateforme de découverte :
Analyse objective par CL-SM/SM

L’analyse objective par CL-SM/SM est intégrée à une plateforme permettant la découverte de nouveaux biomarqueurs ou de nouvelles cibles sans hypothèse a priori. Depuis ses débuts, Caprion a appliqué cette stratégie pour l’analyse protéomique à grande échelle afin d’identifier des protéines (p. ex. des biomarqueurs ou des cibles) qui présentent une expression différentielle entre les cohortes étudiées. Notre équipe de protéomique a mis au point des modes opératoires robustes et industrialisés pour garantir des résultats reproductibles et de haute qualité.

  • Compatibilité de l’approche avec une large gamme d’échantillons de matrices biologiques
  • Identification et quantification relative de protéines en simultané
  • Analyse de milliers de protéines dans des milliers d’échantillons
  • Couverture protéomique complète
  • Approche applicable à l’analyse de protéines phosphorylées ou de protéines présentant d’autres modifications post-traductionnelles

Réalisée sur des spectromètres de masse hybrides quadripôle/orbitrap à haute résolution et accompagnée d’une analyse statistique robuste, l’analyse objective par CL-SM/SM permet la détection et la quantification relative de milliers de protéines dans un seul échantillon.

Analyse objective par SM

Analyse objective par CL-SM/SM –
Principales applications

  • Découverte de nouveaux biomarqueurs
  • Découverte de cibles à la surface des cellules
  • Identification de néo-épitopes (CMH-I et CMH-II)
  • Détection de protéines des cellules hôtes présentes dans les agents biologiques et les biosimilaires

Plateforme ciblée : Détection des réactions multiples (MRM)

L’utilisation de l’approche MRM lors de l’analyse des protéines dans les échantillons cliniques a augmenté en raison de sa sensibilité et de sa spécificité élevées, ainsi que de sa capacité à fournir une quantification absolue. Grace à ses capacités de multiplexage, MRM permet des économies potentielles de temps et de coûts par rapport aux méthodes à base d’anticorps.

  • Quantification relative multiplexée et précise d’un maximum de 350 protéines pour le suivi de candidats
  • Quantification absolue multiplexée précise et exacte d’un maximum de 10 protéines dans les applications cliniques
  • Panels multiplexés prêts à l’emploi, ou mise au point rapide de tests sur mesure
  • Option de couplage avec des tests d’immunoaffinité hybrides pour enrichir l’échantillon en protéines de faible abondance
  • Tests validés pour un usage clinique dans un environnement GCLP, agréé par le CAP et certifié CLIA

En utilisant des spectromètres de masse quadripôle triples ou hybrides quadripôle triples/à piège à ions linéaire jumelés en amont à la chromatographie en phase liquide, la plateforme MRM offre une spécificité, une sensibilité et une quantification supérieures des analytes d’intérêt. Grâce à la double sélection (Q1 à Q3), qui améliore le rapport signal sur bruit et réduit les interférences, ainsi qu’aux multiples mesures effectuées pour chaque protéine, l’approche MRM est l’un des tests les plus spécifiques pour la mesure des protéines.

spectromètres de masse quadripôle triples ou hybrides quadripôle triples

Adaptation des tests fondés sur l’approche MRM

Caprion propose de multiples approches fondées sur les besoins des clients et les objectifs de l’étude. Il peut s’agir de tests adaptés à la recherche qui visent à mesurer des centaines de protéines pour une évaluation rapide de biomarqueurs candidats ou encore de tests visant à obtenir une quantification absolue d’une ou de plusieurs protéines pour des applications cliniques ou la soumission aux autorités règlementaires.

Approche personnalisée

Méthode MRM – Principales applications

  • Découverte et vérification de biomarqueurs – panels comportant jusqu’à 350 protéines
  • Quantification absolue ou relative des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles
  • Étude de pharmacocinétique pour les agents biothérapeutiques
  • Quantification des impuretés dérivées des protéines des cellules hôtes (PCH) dans les agents biologiques et les biosimilaires