Caprion - HistoGeneX: Une offre combinée

S’appuyant sur ses plateformes d’histopathologie inégalées, HistoGeneX offre une gamme de plateformes moléculaires bien établies et plus récentes, mettant ainsi à profit une combinaison unique d’expertise, de qualité et d’efficacité. De plus, nos scientifiques et nos pathologistes titulaires d’un certificat de spécialité sont en mesure d’intégrer les données numériques issues d’approches moléculaires aux données morphologiques visuelles pour maximiser l’information extraite des échantillons provenant d’essais cliniques.

Nos laboratoires peuvent assurer le traitement et l’analyse de divers types d’échantillons, et notre processus de validation analytique rigoureux est soutenu par des partenariats avec différents fabricants de réactifs. Gardant à l’esprit les applications auxquelles vous destinez ces analyses, notre équipe peut également vous prodiguer des conseils sur le prélèvement et le traitement des échantillons.

Extraction d’ADN et d’ARN

Les méthodes utilisées pour extraire l’ADN et l’ARN peuvent avoir d’importantes conséquences sur les analyses réalisées par la suite. Chez HistoGeneX, 90 % de nos extractions sont effectuées à la main, ce qui prévient les baisses de rendement et de pureté souvent observées avec les techniques automatisées ou semi-automatisées. Nous avons une longue expérience de l’extraction d’acides nucléiques à partir de diverses sources (sang entier, plasma, lignées cellulaires, tissus FFIP, tissus congelés et tissus frais) et nous en assurons la qualité. Nous offrons également un service d’extraction simultanée de l’ADN et de l’ARN à partir du même échantillon FFIP.

L’extraction est effectuée à l’aide de produits commerciaux, mais nous avons mis au point des méthodes exclusives et optimales de fixation et de traitement des tissus afin d’obtenir des molécules d’ARN et d’ADN de haut poids moléculaire à partir d’échantillons de tissu et de cellules inclus dans la paraffine.

L’enrichissement en composantes tissulaires spécifiques ou en cellules tumorales par microdissection avant l’extraction est rendu possible grâce à une étroite collaboration entre nos scientifiques et nos pathologistes.

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Analyse de mutations

Chez HistoGeneX, les mutations de l’ADN sont détectées par des tests de dépistage d’une mutation spécifique bien établis effectués sur différentes plateformes ou par séquençage de nouvelle génération (SNG), qui permet de détecter les mutations dans une seule cible ou dans de multiples cibles en même temps, tout en respectant les exigences réglementaires. À l’aide des plus récentes technologies, notre équipe utilise des panels validés ou personnalisés et fournit la liste des variants mis en évidence ainsi que leur pertinence clinique dans un délai répondant aux besoins des essais cliniques.

En plus des panels de séquençage ciblé prêt à l’emploi qui sont utilisés pour détecter des SNV (single nucleotide variation; variant mononucléotidique), de petites insertions, des délétions, des CNV (copy number variation; variabilité du nombre de copies), et la charge mutationnelle tumorale dans des gènes spécifiques fréquemment mutés dans les tumeurs solides, nous offrons aussi le « SuperARMS® Pan Lung Cancer PCR Panel » de AmoyDx qui peut détecter 167 mutations et fusions dans 11 gènes spécifiques du cancer du poumon.

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Détection de fusions

Nous exploitons des approches ciblées de séquençage de nouvelle génération (SNG), de séquençage aléatoire du transcriptome entier (RNAseq), de PCR spécifique d’allèles (ARMS PCR) et le système NanoStringMC pour détecter les fusions géniques dans les ARN. Des panels validés sont utilisés pour détecter les fusions et les mutations ponctuelles spécifiques du cancer. Certains d’entre eux offrent la possibilité de détecter ces fusions sans connaissance préalable des points de rupture.

Panels prêts à l’emploi :

  • RNASeq (SNG) : 21 415 gènes cibles
  • Archer® FusionPlex Comprehensive Thyroid and Lung (CTL) (SNG) :
    36 gènes cibles des « points chauds » associés aux cancers de la thyroïde et du poumon
  • SuperARMS® (PCR en temps réel) : 11 gènes cibles pour échantillons de poumons
  • Système NanoStringMC – Lung RNA Fusion Panel : 63 sondes pour l’étude des fusions géniques dans le poumon

Personnalisation selon vos besoins : Les panels peuvent être adaptés pour l’étude de fusions et de mutations ponctuelles spécifiques.

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Analyse de l’expression génique

Une analyse de l’expression génique peut être effectuée sur un ensemble limité de gènes cibles en utilisant la RT-qPCR. Par ailleurs, le système NanoStringMC permet de quantifier avec précision jusqu’à 800 ARN cibles, auxquels il est possible d’ajouter des cibles de votre choix.

Le séquençage aléatoire du transcriptome entier réalisé avec le système « TruSeq RNA Exome/Enrichment » sur la plateforme de séquençage Illumina permet de déterminer le profil de l’expression de plus de 21 000 ARN cibles. Toutes ces approches sont accompagnées de méthodes d’analyse de données. Pour les analyses des résultats de RNASeq, HistoGeneX offre une gamme d’approches de bio-informatique entièrement validées, y compris le typage HLA, l’identification de fusions et l’expression génique différentielle. Sur demande, notre équipe de bio-informaticiens sera heureuse de vous aider à trouver ou à mettre au point l’approche d’analyse de données optimale pour répondre à vos besoins.

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Méthylation de l’ADN

La méthylation de l’ADN est une modification épigénétique ayant diverses conséquences sur l’expression des gènes. En oncologie, la méthylation des gènes sert souvent de biomarqueur, étant donné que des anomalies de méthylation sont fréquemment observées dans les tissus cancéreux.

À l’aide de notre essai en temps réel de réaction en chaîne de la polymérase spécifique de la méthylation, nous pouvons déterminer le nombre relatif de copies du gène MGMT (O-6-méthylguanine-ADN méthyltransférase) codant pour une enzyme de réparation de l’ADN souvent inactivée par hyperméthylation dans les cancers humains, notamment le glioblastome.

Notre équipe peut également adapter l’essai à d’autres cibles de méthylation spécifiques et fournir les services de validation adéquats.

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Instabilité des microsatellites (MSI)

L’instabilité des microsatellites résulte de l’accumulation systématique de délétions et d’insertions au sein de courtes séquences d’ADN répétées dans les cellules tumorales en raison du dysfonctionnement du système de réparation des mésappariements (MMR). L’instabilité des microsatellites s’observe dans environ 15 % de tous les cas de cancer colorectal et s’avère utile en clinique pour identifier les patients ayant un cancer colorectal héréditaire sans polypose (HNPCC, syndrome de Lynch) causé par des mutations germinales dans les gènes du système MMR. Le statut d’instabilité des microsatellites peut également prédire la réponse d’un patient à certaines chimiothérapies. Plus récemment, il a été utilisé comme biomarqueur de la réponse à l’immunothérapie, ce qui fait du statut d’instabilité des microsatellites un outil de plus en plus pertinent pour la recherche en génétique et en immuno-oncologie.

Chez HistoGeneX, nous utilisons des panels comportant des répétitions mononucléotidiques quasi monomorphes pour déterminer le statut d’instabilité des microsatellites. Ces essais sont très sensibles et ne nécessitent pas de tissu normal ni de sang appariés. La trousse MSI assay v1.2 de PromegaMC procure une solution à haut débit pour l’amplification multiplex de cinq marqueurs de répétition (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 et MONO-27) dans les échantillons d’ADN, ce qui permet de déterminer le statut d’instabilité des microsatellites. La trousse IdyllaMC MSI Assay (homologuée pour le diagnostic in vitro) couvre sept biomarqueurs de répétitions répartis dans différents gènes (ACVR2A, BTBD7, DIDO1, MRE11, RYR3, SEC31A et SULF2), et permet d’établir le statut d’instabilité des microsatellites directement à partir de tissus fixés dans le formol et inclus dans la paraffine (FFIP), insérés dans une cartouche adaptée à l’échantillon. Le statut d’instabilité des microsatellites est également évalué à l’aide de l’essai TSO500 d’Illumina.

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Analyse de fragments d’ADN

L’analyse de fragments d’ADN est réalisée par électrophorèse capillaire pour séparer et détecter les fragments marqués par un fluorophore après amplification par la PCR. L’analyse procure des renseignements sur la taille, la quantité relative et le génotype du fragment.

Chez HistoGeneX, les applications actuelles de l’analyse de fragments d’ADN comprennent notamment la détermination du statut d’instabilité des microsatellites, notre test de la spécificité du genre pour la détermination fiable du genre, et le test de perte d’hétérozygotie du locus CMH de classe I qui consiste en l’analyse de 9 SNP (polymorphismes mononucléotidiques) sur le chromosome 6.

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Analyse des cellules tumorales circulantes par la technologie RareCyte®

Les cellules tumorales circulantes (CTC) fournissent une vue dynamique de la progression du cancer et peuvent être détectées dans le sang périphérique. Notre processus bien défini de traitement du sang jumelé à la plateforme RareCyte® nous permet de détecter et de quantifier ces cellules par coloration fluorescente et d’effectuer des analyses génomiques à l’échelle de la cellule individuelle. Nous pouvons détecter des variations de nombre de copies (CNV) dans des isolats de cellules tumorales circulantes en effectuant un séquençage à faible couverture (« low pass ») du génome entier.

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